Konec XVII. stoletja, ko ni bilo več nevarnosti napada gusarjev in po izgonu Turkov (1684), se je prebivalstvo vrnilo na obalo in počasi zgradilo novo naselje. Ime kraja Baška Voda je prvič omenjeno leta 1688. Prva javna zgradba je bila pozno-baročna cerkvica Sv. Lovra, ki je bila zgrajena leta 1750 na temeljih antične zgradbe. Poleg poljedelstva se je prebivalstvo ukvarjalo tudi z ribištvom in pomorstvom. Prva šola je bila odprta leta 1845, cerkev Sv. Nikole v neoromantičnem stilu je bila zgrajena leta 1889, leta 1900 pa je bila odprta prva pošta.
Z izgradnjo pristanišča leta 1912 je Baška Voda postala pomembno pristanišče tega področja. Pristanišče je omogočalo intenzivno trgovino med otoki in Zabikovljem.
